浙江加州国际纳米研究院

当前位置 : 首页 > 走进研究院 > 大事件

GEN杂志转载推荐我院系统生物学平台科研论文

编辑:admin 作者:admin 时间:2011年02月18日 访问次数:1909

    生物技术出版业全球第一的杂志GEN(Genetic Engineering & Biotechnology News, 基因工程与生物技术新闻),在其网络平台上重点推荐了我院系统生物学平台文章。

    2011年1月,我院系统生物学平台在美国OMICS杂志上发表的一篇文章被生物技术出版领域全球排名第一的GEN杂志转载推荐(
http://www.genengnews.com/ ),这篇由系统生物学平台首席科学家林标扬教授指导的题为 “Identification of Novel SNPs by Next-Generation Sequencing of the Genomic Region Containing the APC Gene in Colorectal Cancer Patients in China”的文章,由平台程尹、王珺、邵娇芳、陈启昀、莫凡、马良、韩序、张靖、陈辰等人共同撰写,于2010年发表在美国OMICS杂志上。

    该文章应用长片段PCR、NimbleGen序列捕获结合第二代测序的方法,识别关键基因完整区域的SNPs(单核苷酸多态性),这些区域包括启动子、外显子、内含子及下游序列。如APC(腺瘤性息肉病)基因,通过对27对大肠癌及正常癌旁组织的测序结果进行MAQ和Samtools的分析,在123kb的APC基因组区域,找到了210个高可靠性的SNPs,其中69个为新的SNPs。另外该文章利用等位基因特异PCR随机挑选8个高质量SNPs进行验证确认,结果表明实验错误率可以忽略不计。而在外显子区域找到了11个SNPs,其中包括一个新SNP,未见报道。经预测其中10个SNPs均可通过以下两种方式影响剪接:增加/去除外显子剪接增强子,增加/去除外显子剪接沉默子。文章同时还在APC基因的上游区域找到7个SNPs,其中三个只存在癌组织样本中。预测表明其中6个SNPs影响转录因子结合。另外文章的结果表明长片段PCR在捕获GC富集区域远优于NimbleGen序列捕获技术。

    基因工程与生物技术新闻杂志(缩写:GEN)自1981年发行以来,在生物技术出版行业一直占据全球第一的宝座。GEN每年发行21期印刷版杂志并在网络上提供额外的独家社论,如新闻、分析、博客、网络论坛、民意调差、视频和应用注释等。另外,GEN主持运营名为GENconnect的网络平台,该平台展示了一个由PCR技术、新一代测序技术、生物标志物等众多内容组成的社区,GEN的独特新闻和技术重点着眼于生物技术产品的完整的生命周期,从早期研发到组学、生物标志物以及诊断的应用研究,继而到生物加工和产业化。